Interior de la Iglesia
Alzado y plementos
La iglesia de La Cartuja de Miraflores presenta una planta estrecha y larga que se asocia al llamado «modelo cartujano». Sus muros lisos se encuentran rasgados en el lado de la Epístola por dos puertas, que comunican el monasterio con la iglesia (una en el coro de los Hermanos y la otra en el coro de los Padres). Enfrente de ellas, otras dos conducen a las capillas laterales (hoy salas de exposición). En la cabecera hay una puerta más que da acceso a la sacristía.
El alzado está interrumpido por una cornisa decorada con grecas de ramas caladas. El voladizo se extiende longitudinalmente por la nave, ubicándose en los arranques de los arcos ménsulas poligonales y circulares. Las situadas a los pies del templo, en la intersección de los muros, tienen como ornato unos profetas: el de la izquierda lleva un libro abierto y el de la derecha porta una filacteria con grafías. Las que se ubican en los lados de la Epístola y del Evangelio se adornan con ángeles tenantes que sujetan la decoración heráldica tan definitoria de la fundación de la Cartuja: el blasón de Castilla y León. Por lo que se refiere a las que se sitúan en los muros laterales de la cabecera, los ángeles de las ménsulas muestran los Instrumentos de la Pasión de Cristo y la figura de un profeta. La cornisa que se desarrolla en la cabecera de la iglesia fue restaurada en el 2006 para limpiar su superficie de polvo y suciedad (deyecciones de pájaros e insectos), consolidar los soportes y asentar la policromía.
Abovedamientos y arcos
En el año 1488 se concluyeron las bóvedas del templo por parte de Simón de Colonia y su taller. La cubierta está formada por cinco tramos de bóvedas de crucería de terceletes. Cuatro de ellas en su parte central adornan sus claves con la decoración heráldica del escudo de Castilla y León. En la clave dispuesta en tercer lugar se representan los Instrumentos de la Pasión de Cristo (Arma Christi). Los arcos y los nervios de las bóvedas apean en ménsulas que se decoran en su frontal con profetas o ángeles policromados, integrandose en una línea de imposta.
Sobre la línea de imposta se sitúan las vidrieras y, a los pies del templo, un rosetón. Estos vanos, en su mayoría coloreados, crean en la iglesia un espacio lumínico que se ajusta, en parte, al concepto de la luz del gótico para las catedrales, la creación de una luz simbólica, de un espacio irreal.
Estancia de los fieles
La estancia de los fieles es el primer lugar que encontramos a pie de la nave central. Se encuentra separada del Coro de los Hermanos por una reja.
En el lado del Evangelio a la izquierda, podemos ver un tríptico de grandes dimensiones. Se trata de una pintura al óleo, de la escuela de Roger Van der Weyden, en el que están representadas las siguientes escenas: Camino al Calvario, Crucifixión y Llanto sobre Cristo muerto. Enfrente, en el lado de la epístola, tenemos un cuadro barroco del XVII en el que está representada la Anunciación. Aunque el autor es desconocido, la viveza de los colores, la expresividad y los suntuosos ropajes hacen pensar que sea de Mateo Cerezo el Joven, pintor burgalés.
